5月31日早上8点，西安地铁二号线因信号系统故障导致列车晚点。据了解，西安地铁二号线自开通试运行以来已出现过6次故障。
2011年9月27日上午11时18分，地铁二号线钟楼站站台上的一扇屏蔽门的玻璃突然爆裂，不清楚什么原因。从微博发送的图片上看，该屏蔽门处于向韦曲南站方向的地铁站台上，一侧屏蔽门上的玻璃已经完全碎裂，但玻璃碎片仍完好立于门框内，未撒至地面及轨道上。
2011年10月19日，西安地铁2号线由北向南一列车到达体育场站时突然出现故障，出现车门无法开启的情况。到下午2时29分，西安地铁腾讯官方微博发布消息称，故障已经排除，二号线列车恢复正常运行。并说明情况：“11008次列车在体育场站上行方向车门无法开启，导致清客，备用车替开。”
2011年10月28日早上，地铁2号线列车行驶在永宁门附近，正在运行的列车突然停在永宁门站和钟楼站之间的隧道里，这中间地铁门并没有打开，一直停了4分钟。西安地铁运营分公司解释：在永宁门站下行方向，离开出站方向400米的一个低压配电箱的门打开了。所以在8点27分，就派人跟着这趟车到区间进行处理。
2012年1月6日10点42分，西安地铁2号线由于信号故障，一辆开往北客站方向的列车在北大街与安远门站区间停留了2分钟，导致后面的列车也临时停靠。西安地铁工程部副部长陈跟党解释：设备处于磨合期，故障是因为信号设备一块板卡出现问题，造成一个技术区段出现红光带，列车的进路无法排列出来。
2012年4月20日上午6时50分，?西安地铁二号线因为北客站一处道岔机发生小故障，导致地铁二号线多趟列车累计晚点10分钟。9时许，列车运行完全恢复了正常。据西安地铁运营分公司党群部相关工作人员介绍说，地铁从南开到北，再要由北开到南需要经过道岔机，才能开到折返线上，相当于“调头”。发生故障的就是北客站附近的一个道岔机。
2012年5月31日早上8点，西安地铁二号线因信号系统故障全线停运，造成乘客大面积滞留。8：50左右，列车逐步恢复运行。西安地铁官方微博称：西安地铁二号线因信号系统故障导致列车晚点，现正在恢复之中，全线采用电话闭塞法行车，列车已恢复运行。
